Antes de começarmos, veja um exemplo de Menu Iniciar organizado:

De inicio, crie pastas que discriminem certo tipo de programa (dentro da All Users). Alguns exemplos: Internet, Utilitários, Multimídia etc. Nestas pastas ficaram os atalhos dos programas.
Para terminar, navegue pelas pastas que foram criadas pelos programas durante a instalação, copie o atalho principal para uma das pastas criadas, e delete a do programa. Veja a imagem abaixo para se localizar melhor:


Repita este processo com todos os programas presentes no Menu Iniciar.
Alguns programas, visando a comodidade, iniciam junto com o Windows. Isto faz com que o carregamento do sistema demore mais que o normal. Logicamente, alguns programas têm que abrir junto com o Windows, como é o caso do anti vírus. Mas outros, como comunicadores instantâneos (ICQ, MSN Messenger etc.) são totalmente dispensáveis, afinal de contas, você não os usará assim que ligar o PC (pelo menos a maioria age assim =) Há duas maneiras de remover estes programas da inicialização: configurando para que isto não aconteça diretamente nas opções dos programas, ou mexendo no msconfig.exe. A desvantagem do primeiro método é que nem sempre os programas dão ao usuário esta faculdade de decisão. Portanto, iremos aprender a maneira mais fácil e rápida, pelo Utilitário de configuração do sistema.
Para entrar nesta aplicação, vá ao Menu Iniciar, clique em Executar..., e digite "msconfig.exe" (sem aspas); dê Ok e uma janela abrirá. Nesta janela há várias abas, com algumas possibilidades de personalização. Sem delongas, vamos ao que nos interessa, a aba Inicializar. Nesta, há três colunas: Item de inicialização, que é o nome do programa/aplicação, Comando, que é o que o próprio nome diz, o comando que o Windows utiliza para iniciá-lo, e Local, que refere-se ao lugar onde determinado arquivo/programa está.
Alguns programas você identifica pela coluna Comando, pois ali se encontra, na maior parte das vezes, o caminho do atalho do software. Tente desmarcar o máximo de itens possível; só reforçando, o único que deve ser deixado com certeza é o anti vírus; ademais, todos podem ser dispensáveis, dependendo apenas de você