Caso você tenha restrições com cheques, ou seja, Banco Central, você fará o seguinte para limpar os registros de seus cheques.
Primeiro você terá que ir ao Banco onde você possui registro de cheques sem fundos e peça ao seu gerente os microfilmes dos cheques sem fundos que você possui, ou seja, código 12.
Logo após os seus microfilmes estarem prontos, você terá que possuir uma scaner, pois você scaneará todos os microfilmes que você possui. Esta é a parte que não é 100% legal. Microfilmes para quem não sabe é apenas uma cópia dos cheques de frente e verso. De posse destes arquivos em seu computador, você utilizará o Photoshop ou o Corel Drow para retirar com cuidado os dados das pessoas que estão na frente do cheque colocando os dados de um conhecido seu e nas costas do cheque colocará o número da conta e agência naquele carimbo quadrado emitido pelo banco que contém o número da conta e agência no qual o cheque foi depositado e não constou fundo. Logo após, este seu amigo ou conhecido emitirá um recibo com os dados da dívida número do cheque e outros dados. Logo após imprimir, retire a impressão e tire cópia dela. Tire cópia da impressão para não parecer que é impressão. Depois você retirará aquele papel de identificação do microfilme que diz que ele é registrado e coloque no papel que você fez a cópia da impressão. Verá como ficará da mesma forma do microfilme, pois já fiz isto várias vezes.
Os microfilmes você pedirá a qualquer agência de seu banco, ou seja, você procurará uma agência pequena que não imprime microfilmes de papel timbrado, pois é mais fácil fazer o serviço. Microfilmes com papel timbrado não têm como fazer, pois são mais rebuscados.
Os cheques que você possui protesto não têm como você retirá-los desta forma, pois você precisará de uma nada consta do cartório de distribuição de sua cidade.

Logo após fazer tudo isto você irá ao Cartório de Distribuição e tirará um nada consta.
De posse dos microfilmes que você fez, do nada consta do cartório de distribuição e dos recibos que seus amigos fizeram para você, levará tudo a uma agência pequena de seu banco ou na própria agência aonde você possui conta e resolverá todas as suas pendências com o Banco Central.
O recibo que seus amigos te entregarão, são mais ou menos assim:

Eu Fulano de Tal, residente em São Paulo, endereço……, telefone….., portador do documento 1918457 SSP SP, CPF 65981875189, servidor público…declaro ter recebido de Carlos….., o valor de R$450,00, referente ao cheque nº 3216854, da agência 3215 do Banco do Brasil.
Um recibo onde tenham os seus dados pessoais e diga que ele realmente recebeu o dinheiro referente ao cheque sem fundo. De posse deste documento, registre ele em Cartório, ou seja, seu amigo terá que ter firma reconhecida em algum cartório e você reconhecerá a firma dele comprovando que é autêntico o documento.
Para cheques que tem registro no CCF e foram emitidos a mais de três anos, o Banco se reserva ao direito de não emitir os microfilmes, pois eles têm este prazo de três anos para emitir microfilmes e após este prazo normalmente eles não possuem mais microfilmes dos cheques. Isto é bom por um lado, pois você terá que fazer só o recibo de seu amigo constando que você pagou a dívida e este recebeu o valor do cheque. De posse do recibo e do nada consta do cartório você irá ao Banco e entregará os recibos e o nada consta para limpar o seu nome.
Caso ache esta parte do scaner muito complicado, ou você não possua um scaner, você tem mais uma opção.
Você anunciará durante três dias consecutivos em um jornal de grande circulação de sua cidade que você procura por seus cheques. Leia no jornal de sua cidade e veja na parte de achados e perdidos. Nesta parte as pessoas costumam colocar que procuram por cheques sem fundos. Caso ninguém o procure nos três dias anunciados, leve o jornal com os seus anúncios e mostre ao gerente de seu banco o jornal com os anúncios e o nada consta do cartório de distribuição. Normalmente quem liga para resgatar os cheques são 1 em cada 100, leve em consideração que você anunciará nos dias em que poucas pessoas compram jornal, com isso, a possibilidade de as pessoas não te procurarem é imensa.
Em caso de dúvidas, escreva para serasa@empresa.com.br, pois tudo isto que escrevi está em minha cabeça e posso ter deixado passar algum detalhe desapercebido que talvez você precise.